丙酸氟替卡松具有較好的耐受性，在安慰劑對照的臨床試驗中，最常見的副作用是 ：皮膚感染、感染性濕疹、病毒疣、單純皰疹、膿皰瘡、特異性皮炎、濕疹、濕疹惡化、紅斑、燒灼感、刺痛、皮膚刺激、毛囊炎、水皰、手指麻痹和皮膚干燥。
在兒童進行的開放臨床試驗中，常見的副作用是：燒灼感、暗黑色紅斑、紅斑疹、面部毛細血管擴張、非面部毛細血管擴張、風疹。若出現過敏現象應立即停藥。
發炎、毛囊炎、痤瘡樣皮疹、色素減退、口周皮炎、過敏性接觸性皮炎、繼發感染、皮膚萎縮、皮紋和痱子等不良反應少見，但當采用封包療法時其發生頻率明顯增加。
長期和大量使用皮質激素，可引起局部皮膚萎縮，表現為皮膚變薄、出現萎縮紋、毛細血管擴張、多毛及色素減退。
長期大量或大面積應用皮質激素，可通過充分的全身吸收而出現腎上腺皮質功能亢進。此現象更易見于嬰幼兒及采用封包治療的患者。嬰兒涂藥后使用尿布也應視為封包治療。在使用皮質激素治療銀屑病過程中或停藥后誘發膿皰型銀屑病的情況罕見。曾有用藥后皮膚病的癥狀和體癥加重的報告。

1、局部應用皮質激素的全身吸收能可逆性抑制下丘腦-垂體-腎上腺軸，從而導致治療停止后糖皮質激素不足。局部應用皮質激素的全身吸收患者可見庫欣綜合征，高血糖癥和糖尿病。
2、局部大面積使用皮質激素并采用封包療法的患者應定期采用ACTH興奮試驗、午前血漿類固醇測定、尿液游離類固醇測定以檢測下丘腦-垂體-腎上腺軸功能。
3、出現下丘腦-垂體-腎上腺軸功能抑制，應撤藥、減少用藥頻率或使用低效類固醇。通常停止局部應用皮質激素后，HPA軸功能可恢復。罕見糖皮質激素不足，此時需全身應用皮質激素。若需全身應用皮質激素，請參見其使用說明書。
4、兒童的相對體表面積較大，使用相同劑量時吸收量多，較易出現全身毒性，故用藥時應盡可能采用最低有效治療劑量。
5、兒童應盡量避免長期持續使用本品。連續應用丙酸氟替卡松4周以上的安全性和有效性尚未確定。
6、應在醫生指導下使用本品。本品僅供外用。用于眼瞼時應小心以防止藥物進入眼內，從而避免局部刺激或誘發青光眼。
7、本品可引起皮膚不良反應，出現局部不良反應應及時告知醫生。
8、除非有醫生指導，否則使用本品時不應封包，也不應用于面部、腋下、腹股溝處。
9、本品不能用于尿布皮炎。因使用尿布被視作封包，故本品不應用于尿布包裹處。
10若出現刺激，應立即停藥并采取適當的治療措施。皮質醇引起的過敏性接觸性皮炎通過治愈的失敗及適宜的臨床檢測來診斷。
11、面部在長期外用皮質激素進行治療后較身體其他部門更易出現皮膚萎縮，在治療銀屑病、盤狀紅斑狼瘡、嚴重濕疹時須謹記。
12、外用皮質激素治療銀屑病存在一些危險，如停藥后反跳復發、出現耐藥、誘發膿皰型銀屑病、皮膚防御功能受損所致局部或全身毒性。所以銀屑病患者使用本品時，監測病情很重要。應用本品治療兒童牛皮鮮前應咨詢醫生。
13、炎癥性皮膚損傷合并感染時，應進行適宜的抗微生物治療。皮膚感染時應停止外用皮質激素制劑，而采用抗生素全身給藥治療。封包治療使局部溫暖、濕潤易引發細菌感染，所以封包治療前應清潔皮膚。

藥理作用：丙酸氟替卡松是一高效，具有局部抗炎作用的糖皮質激素，經皮給藥后，對HPA軸的抑制作用很弱，因此，其治療指數高于大多數常用的類固醇制劑。皮下注射給藥會產生強效全身性糖皮質激素作用，但口服作用弱，可能為代謝失活所致。
體外試驗表明本藥對人體的糖皮質激素受體有強親和力和激動作用，丙酸氟替卡松無預期外激素作用，對中樞神經系統、周圍神經系統、胃腸道、心血管系統、呼吸系統無明顯影響。
毒性研究：
遺傳毒性
丙酸氟替卡松體外體外試驗結果顯示標準Ames試驗，E.coli致突變試驗，S.cereviseiae基因突變試驗，中國倉鼠卵巢細胞分析均未見致突變現象。小鼠微核試驗和培養人淋巴細胞試驗未見致染色體畸變現象。
生殖毒性：
生殖毒性試驗結果顯示雌性大鼠每日皮下注射丙酸氟替卡松50ug/kg，雄性大鼠每日皮下注射丙酸氯替卡松100ug/kg（后期減至每日50ug/kg）對交配和生殖力均無影響（分別為70千克體重每天局部使用0.05％丙酸氟替卡松乳膏15g，透皮吸收為近3％時全身暴露水平的15倍和30倍）。
全身給藥時在較低劑量下皮質類固醇就有致畸作用。有些皮質類固醇皮膚給藥后亦產生致畸作用。試驗結果顯示小鼠每日皮下給予丙酸氟替卡松45ug/kg和150ug/kg（分別為人外用劑量的14和45倍）就可出現致畸現象（腭裂）。

吸收 ：丙酸氟替卡松為活性成分，多種因素（如賦形劑和表皮屏障的完整性）影響局部應用皮質類固醇的透皮吸收。封閉性敷裹可增加滲透。局部應用皮質類固醇可從正常完整皮膚吸收。皮膚炎癥和/或其他皮膚疾病可增加透皮吸收。12名健康男性連續3周，每日2次使用0.05％丙酸氟替卡松乳膏12.5 g，血藥濃度一般都低于可檢測水平（0.05 ng/mL）。6名健康男性在封包下連續5天使用0.05％丙酸氟替卡松乳膏25 g，血藥濃度在0.07-0.39 ng/mL之間。
大鼠局部應用1 g/kg放射標記的0.05％丙酸氟替卡松乳膏和軟膏24小時，7日末藥物消除近80％，其中大多數（73％）從用藥部位消除。用藥部位皮膚內消除小于1％。大約5％的藥物透皮后全身吸收。在研究的7日內本品持續吸收，提示丙酸氟替卡松在用藥部位有較長的駐留時間。
分布 ：健康受試者靜脈給予1 mg丙酸氟替卡松，分布迅速，與其高脂溶性和高組織結合的特性一致。表觀分布容積為4.2 L/kg(2.3-16.7 L/kg)。血漿蛋白結合率為91％。丙酸氟替卡松與紅細胞的結合弱且可逆。丙酸氟替卡松與人皮質素傳遞蛋白無明顯結合。
代謝 ：體外將放射標記的丙酸氟替卡松和人皮膚組織勻漿共同孵育，未檢測到丙酸氟替卡松的代謝物。靜脈給予1 mg丙酸氟替卡松，血漿清除率為1093 mL/min(618-1702 mL/min)，腎清除少于總量的2％。丙酸氟替卡松在肝臟經細胞色素P450 3A4介導的5-氟甲基硫代羰酸酶群水解，生成無活性的17-β-羧酸代謝物（人體能檢測到的唯一代謝物）。體外試驗結果顯示該代謝物與人肺細胞糖皮質激素受體的親和力不到丙酸氟替卡松的?000，其藥理活性可忽略不計。在體外用培養人肝細胞試驗檢測到的其他代謝物在人體均未檢測到。
排泄 ：健康受試者靜脈給予1 mg丙酸氟替卡松，呈多指數動力學特征，平均終末半衰期為7.2小時。