處方藥阿法根副作用是：約有10——30％的受試者曾出現以下不良反應，按降序排列，包括口干，眼部充血，燒灼感及刺痛感，頭痛，視物模糊，異物感，疲勞/倦怠，結膜濾泡，眼部過敏反應以及眼部瘙癢。約有3——9％的受試者曾出現以下不良反應，按降序排列，包括角膜染色/糜爛，畏光，眼瞼紅斑，眼部酸痛/疼痛，眼部干燥，流淚，上呼吸道癥狀，眼瞼水腫，結膜水腫，頭暈，瞼炎，眼部刺激，胃腸道癥狀，虛弱無力，結膜變白，視物異常以及肌肉痛。有不足3％的患者曾出現以下不良反應，包括眼瞼痂，結膜出血，味覺異常，失眠，結膜分泌物增多，精神抑郁，高血壓，焦慮，心悸，鼻干以及暈厥。
阿雖然尚未對本品的藥物間相互作用做過專門的研究，但與中樞神經系統抑制藥（酒精、巴比妥類、鴉片制劑、鎮靜劑或麻醉劑）產生疊加作用或使之強化的可能性應予以考慮，臨床研究中并未發現本品對脈搏或血壓有明顯影響，但由于α-受體激動劑也有使脈搏減慢或使血壓藥和/或強心藥物時，亦應予以注意，文獻中報道三環類抗抑郁藥要使全身用戴壓定（clonidine）的降壓作用減弱，同時使用這類藥物是否會干擾本品的降眼壓作用，尚不明確。滴用本品后是否影響循環中的兒茶酚胺水平高亦無資料可尋。然而，當患者服用能影響循環中胺類的代謝或攝取的三環類抗抑郁藥時，應慎用本品。
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