本品于2005年6月由國家藥品監督管理局批準臨床試驗，于2006年2月至2008年1月進行了巴戟天寡糖膠囊Ⅰ期人體耐受性試驗及Ⅱ、Ⅲ期用于腎虛證的輕中度單相抑郁癥發作的臨床有效性與安全性觀察。
Ⅰ期人體耐受性試驗分為單次給藥和多次給藥的耐受性試驗，單次給藥設為50mg、150mg、500mg、600mg、800mg、1000mg共6個劑量組，多次給藥設每日一次800mg一個劑量組，共觀察7天，Ⅰ期臨床試驗共納入受試者42例。
Ⅱ期臨床試驗設計采用多中心、多劑量組（150mg和200mg兩個劑量組）、隨機、雙盲雙模擬、陽性對照藥方法。對照藥物為鹽酸氟西汀片。Ⅱ期臨床觀察病例數為361例，其中低劑量實驗組121例，高劑量實驗組119例，對照組121例。
Ⅲ期臨床試驗設計采用多中心、隨機、雙盲雙模擬、陽性藥及安慰劑對照的三臂方法，陽性對照藥物為鹽酸氟西汀片。Ⅲ期臨床試驗觀察病例數為613例，其中實驗組367例，陽性對照組123例，安慰劑對照組123例。
Ⅱ、Ⅲ期臨床試驗的納入標準為符合CCMD-3有關抑郁發作的西醫診斷標準和中醫腎虛癥候的中醫辨證標準，年齡18-65歲，漢密爾頓抑郁量表（HAMD）17項評分≥18分。排除有嚴重自殺傾向者、雙相障礙抑郁發作以及繼發于其它精神疾病或軀體疾病的抑郁發作者等。
藥物用法用量：Ⅱ期臨床試驗：低劑量試驗組。一次150mg，早晚各一次；高劑量試驗組，一次200mg，早晚各一次；對照組鹽酸氟西汀片，一次2片，早晨一次服。各組同時加入模擬的安慰劑以達到雙盲，服藥2周后檢查。若HAND積分減分率≥30％，則維持原用藥劑量，若HAMD積分減分率＜30％，即在15-42天改為以下加量服用：低劑量試驗組，一次300mg，早晚各一次；高劑量試驗組，一次400mg，早晚各一次；對照組鹽酸氟西汀片，一次3篇，早晨一次服。各組同時加入模擬的安慰劑以達到雙盲。Ⅲ期臨床試驗：試驗組：一次150mg，早晚各一次；鹽酸氟西汀片對照組，一次2篇，早晨一次服；安慰劑對照組，模擬巴戟天寡糖膠囊和鹽酸氟西汀片的iji，早晚服用。各組同時加入模擬的安慰劑對照組，服藥2周后檢查，若HAMD積分減少率≥30％，則維持用藥劑量，若HAMD積分減少率＜30％，即在15-42天改為以下加量服用：試驗組：一次300mg，早晚各一次；鹽酸氟西汀片對照組，一次3片，早晨一次服；安慰劑對照組，模擬巴戟天寡糖膠囊和鹽酸氟西汀片的安慰劑，早晚服用。各組同時加入模擬的安慰劑以達到雙盲。以上用法均為口服，總療程均為6周。
本品的主要療效性指標為漢密爾頓抑郁量表（HAMD）17項評分。療效評定標準主要包括HAMD評分、中醫癥候療效、單相癥狀療效等的變化和改善情況。
有效性：Ⅱ期臨床試驗，療后HAMD評分、中醫癥狀評分，低劑量試驗組、高劑量試驗組與對照組比較，差異無統計學意義。
Ⅲ期臨床試驗，療后HAMD評分、中醫癥狀評分、試驗組、陽性藥對照組和安慰劑對照組比較，差異有統計學意義。試驗組、陽性藥對照組優于安慰劑對照組。
安全性：Ⅰ期人體耐受性試驗：單次給藥的不良事件有口干（3.1％）、困倦（15.6％）、疲乏（18.8％）、心慌（3.1％）、燥熱（3.1％）、尿頻（3.1％）、入睡困難（3.1％）；多次給藥的不良事件有口干（40.0％）、困倦（30.0％）頭痛（20.0％）、食欲增加（40.0％）、疲乏（10.0％）、頭痛、有感冒癥狀（10.0％）、鼻干（20.0％）、易怒（10.0％）、煩躁（10.0％）、大便干燥（10.0％）、有性沖動（10.0％）。單次給藥600mg劑量組有1例受試者尿常規治療前正常，治療后尿紅細胞為（ ）3-5/HP，不能確定與藥物是否有關。
Ⅱ期臨床試驗：高劑量試驗藥物組的主要不良事件為口干（9.2％）、便秘（7.6％）、頭暈（3.4％）、惡心（3.4％）等，另見腹瀉、肝功能輕度異常、心慌、心煩、胃部不適、乏力、食欲下降、陣發性出皮疹各1例次；低劑量組為惡心（5.8％）、口干（5.0％）、頭暈（3.3％）、便秘（1.7％）、乏力（1.7％）等，另有白細胞下降1例。對照組藥物的不要不良反應是：惡心（9.2％）、頭暈（8.3％）、便秘（2.5％）、口干（1.7％）、白細胞下降（1.7％）。低劑量治療組1例心電圖治療前正常，治療后竇性心動過緩。高劑量治療組有1例患者治療前ALT為57，治療后為116，復查為44，異常有臨床意義，認為與藥物可能有關。
Ⅲ期臨床試驗：367例試驗組不良事件為口干（8例次）、口腔潰瘍（1例次）、鼻干（2例次）、咽干（1例次）、胃脹（1例次）、食欲增加/亢進（3例次）、食欲下降（1例次）、惡心（2例次）、嘔吐（1例次）、便秘（2例次）、頭痛（1例次）、心慌（1例次）、驚恐發作（1例次）、失眠（4例次）、頭暈（1例次）、焦慮（2例次）、乏力（2例次）、困倦（3例次）、軀體發僵（1例次）、雙手/四肢麻木（2例次）、體重減輕（1例次）、白細胞減少（1例次）、試驗組有1例患者治療前WBC為5.6*10^9/L，治療后為3.2*10^9/L，復查為5.9*10^9/L，異常有臨床意義，與藥物可能有關；治療組有1例患者治療前AST為25U/L，治療后為96U/L，1例患者治療前ALT為29U/L，治療后為83U/L，認為異常有臨床意義，1例患者治療前ALT為21U/L，治療后為74U/L，均認為異常有臨床意義，與藥物可能有關。
巴戟天寡糖膠囊經治療前后血、尿常規、肝功能（ALT、AST），腎功能（BLN、Cr）和心電圖檢查，除了以上問題外，其余未見與試驗藥物可能有關的治療前正常治療后明顯異常以及治療前異常治療后異常明顯加重的實驗室數據。