任何藥品都可能會存在毒性與副作用，根據說明書的信息可以知道阿法根不良反應：約有10～30％的受試者曾出現以下不良反應，按降序排列，包括口干，眼部充血，燒灼感及刺痛感，頭痛，視物模糊，異物感，疲勞/倦怠，結膜濾泡，眼部過敏反應以及眼部瘙癢。